يضم مركز الأمراض الانتقالية مختبرًا شاملًا ومتعدد الاختصاصات لعلاج مرضى السل. ويقوم هذا المختبر الذي تم تزويده بأحدث التقنيات والمعدات بدور المختبر المرجعي الوطني. فهو يوفر لكافة القطاعات الصحية، العامة منها والخاصة، تقنيات تشخيص مرض السل على المستوى المحلي. كما أنه يُعنى بإجراء ومعالجة مجموعة واسعة من اختبارات وتحاليل السل القائمة على التقنيات الحديثة، بما يضمن وصول كافة الفرق العاملة ضمن المركز إلى المعلومات اللازمة لإجراء التشخيص السريري ومراقبة تقدم حالة المريض أثناء خضوعه للعلاج.
ويعمل في هذا المختبر الذي يتقيد بالمستوى الثالث من السلامة الإحيائية، فريق ملتزم من الاستشاريين السريرين الماهرين والعلماء المختصين والتقنيين والفنيين الطبيين الذين يتمتعون بخبرة في استخدام المعدات المخبرية المتطورة. ويوفر هذا المختبر، بالإضافة إلى التحاليل المخبرية والإجراءات التشخيصية، البرامج التثقيفية لطلاب الجامعات، والأطباء المقيمين والزملاء، كما أنه يشارك في البحوث الجارية في مجال السل.